环境保护署（环保署）于1994年完成了离岛污水收集整体计划研究，并为大屿山及其他离岛拟订了污水收集整体计划。该计划所建议的污水收集系统工程分两期进行，而拟议的南大屿山污水收集系统工程属于第2期工程。

其后，环保署于2001年在离岛污水收集整体计划第2期检讨（以下简称「整体计划检讨」），检视了污水收集整体计划第2期的工程。并于2008年在南大屿山污水收集计划检讨（以下简称「南大屿山污水计划检讨」），再深入检视南大屿山的拟议污水收集系统工程。

离岛污水收集系统工程第2期–南大屿山污水收集系统工程 为环境影响评估条例 (环评条例) 下, 附表3 第一部, F1 及 F2 项 指定工程项目, 包括环境影响评估报告 (AEIAR-210/2017) 以及环境监察及审核手册. 项目于2017年4月24日获得批准。

此指定工程项目包括一个处理量5,800立方米 (每日平均旱季流量) 的污水处理厂, 6个污水泵房, 全长大约1.1公里的海底排放系统, 全长大约16公里的乡村污水系统, 全长大约7.5公里的主污水管道, 及全长大约7.5公里的双管污水泵喉的兴建及营运。